Как я понимаю, сертификат вам выдали, счет вы открыли, а субсидию вам не перечислили. Оплатить оставшуюся сумму вам нет смысла, так как субсидию вам на руки все равно никто не выдаст (противоречит условиям открытия счета и условиям программы). По условиям программы субсидия должна идти как последний платеж, причем перечисление происходит обязательно со счета категории "Молодая семья", который открывается на основании сертификата, и денежные средства туда перечисляет Исполком.