Все зависит от того, выкупили ли вы полностью квартиру и зарегистрировали ее. Если - да, то, можете прописать кого угодно, даже Папу Римского. Если же – нет, тогда ничего не зависит от вашей воли – прописываться могут только те, кто в договоре. Однако, ваша мать, как заявитель, может внести изменения в учетное дело, которое хранится в райадминистрации, т.е. внести сына в договор. Для этого, естественно, нужно обратиться туда. Вот тогда, когда второй сын будет включен в учетное дело, спокойно можете прописать его в соципотечную квартиру.